No final do ano de 1965, o Cruzeiro conquistou o título do Campeonato Mineiro, e o Tupi teve uma de suas piores campanhas, ficando em último lugar no Campeonato de Juiz de Fora. Em janeiro de 1966, o Tupi convidou o Cruzeiro para um jogo em Juiz de Fora e, com seu time renovado, venceu o jogo por 3 a 2, derrotando a famosa equipe de Tostão, Dirceu Lopes, Zé Carlos, Piazza, Natal, dentre outros craques.

O Tupi foi então convidado a jogar com o Atlético, no Mineirão, vencendo novamente um time da capital. Desta vez, por 2x1 (dois a um) sobre o Atlético, que era dirigido por Paulo Amaral.

Um novo desafio foi feito pelo América Mineiro, dirigido por Yustrick. Mas, uma nova vitória do Tupi por 2x1 (dois a um) foi o que aconteceu. O Cruzeiro pediu uma revanche do jogo realizado, afirmando que, no Mineirão, iria arrasar com o Tupi. Nova vitória do Tupi por 2x1 (dois a um) fez todo o Brasil falar naquela equipe, que acabou sendo convidada para treinar com a Seleção Brasileira de Futebol, liderada por Pelé e Garrincha em Caxambu, quando empatou por 1x1 (um a um). O técnico do Tupi, Geraldo Magela Tavares/Magela, lembra a escalação do time responsável por grandes façanhas em 1966: Waldir; Manoel, Dario Mendes, Murilo e Walter. França e Mauro. João Pires, Toledo, Vicente e Eurico.

Após cair para o Módulo II do Campeonato Mineiro em 2004, o Tupi conseguiu subir novamente para a Primeira Divisão mineira em 2006. Gerido pela Organização Panorama de Comunicação (OP.COM) o clube conseguiu se firmar no decorrer do campeonato. Nesse ano, no campeonato do Módulo II, o Tupi terminou como vice-campeão, conseguindo o acesso à Primeira Divisão (Módulo I) em 2007 juntamente ao campeão, o Rio Branco (Andradas).

O time não teve uma boa participação na Taça MG daquele ano, mas um fato chamou a atenção: a quase-contratação do atacante Romário, que não pôde se concretizar graças à uma lei da FIFA.

Em 2007, o Tupi obteve a quarta colocação do Campeonato Mineiro, conquistando o direito de participar da Série C do campeonato nacional. Recentemente, foi vice-campeão da Taça Minas Gerais, perdendo a final para o Ituiutaba.

Após o campeonato mineiro, a Organização Panorama de Comunicação (OP.COM) deixou a gerência do clube.

Em 2008, O Tupi obteve a terceira colocação do Campeonato Mineiro e foi o "Campeão Mineiro do Interior". Na Série C o time foi eliminado na 1ª Fase com 39% de aproveitamento, terminando o campeonato na 45ª Colocação (63 equipes participaram).

Ainda em 2008, o Tupi venceu a Taça Minas Gerais contra o América, com uma vitória por 3 a 1, em plena Belo Horizonte, e uma derrota por 2 a 1, dentro de Juiz de Fora, sagrando-se o campeão da competição e garantindo vaga na série D do Campeonato Brasileiro de 2009.